云计算孵化器采取“政府战略引导、专业公司运营、创业投资驱动、龙头公司引领、全程孵化器构建、公共技术与服务平台支撑” 的总体运营思路，根椐市场化机制进行管理运营，有效协调孵化器公益性定位与企业化运营逐利性的矛盾，追求孵化器的投资价值和利益最大化。
    1、引进运营市场化机制
    引进公司制孵化器管理运营单位，实现孵化器企业化运作。
    2、设立云天使基金
    设立云天使基金，天使基金规模为1000万元人民币，专门投资云计算技术和服务相关的早期创业企业。
    3、构建三位一体的经营模式 
    政府、孵化器和风险投资三位一体的经营模式，实现多赢互利的战略关系，构建中国云计算的“创新孵化器”。
    4、打造全程孵化服务体系
    按全程孵化器的模式，构建“预孵化器+孵化器+加速器”全程孵化服务体系。
    5、建设公共技术与服务平台